حیاط اندرونی خانه سه نیک، حیاط کوچکی است که کف آن با سنگریزه پوشانده شده است و نقشهایی از سرو در آن ایجاد شده است. در میان این حیاط حوض بسیار کوچکی قرار دارد و از یک طرف دارای صفه (پسکم) با سقفی تاقی بلند است.
بیشتر اتاقهای مجموعه در اطراف این حیاط قرار دارند.
